Finansman desteği ve faizsiz kredi desteği uygulamalarına ilişkin hususlar, ajanslar ve ilgili aracı kuruluşlar arasında akdedilecek ikili ve çok taraflı uygulama protokolleri ile belirlenir. Ajansın akdedeceği bu protokollerde; destek kapsamında kullandırılabilecek kredilerin türleri, kapsamı, üst limitleri, vade seçenekleri, ajans tarafından karşılanacak azami destek miktarları, kredi taleplerini değerlendirme ve bildirim süresi, kredi taleplerinde başvurandan talep edilecek belgeler ile kredi teminatı, uygulanacak finansman desteği oranları, kredi kullanımları nedeniyle proje sahibinden talep edilebilecek işlem masrafları, desteğin ödenme usulü ve zamanı, ajansın ve ilgili aracı kuruluşların sorumlulukları, muacceliyet durumları, temerrüt hali, temerrüt faizi ve desteğin durdurulması veya iptal edilmesi, projelerin sözleşmede belirtilen kurallara uygun tamamlanamaması durumunda ilgili aracı kuruluşların ve ajansın hak ve yükümlülükleri ve uyuşmazlık hallerinde yetkili olacak mahkemeler, tebligat adresleri, protokolün süresi, gizlilik gibi desteğin uygulanma sürecine ilişkin hususlar detaylı bir şekilde düzenlenir.